La ville fut fondée au 12e siècle autour du château construit par Frédéric le Borgne, duc de Souabe. Elle devint résidence impériale sous les Hohenstaufen. C'est dans le château qu'étaient conservés les insignes impériaux. Haguenau devint ville libre au 13e siècle et chef-lieu de la Décapole, ligue des dix villes impériales d'Alsace réunissant Haguenau, Obernai, Sélestat, Rosheim, Colmar, Turckheim, Munster, Kaysersberg, Wissembourg et Landau. Les armes ont été établies d'après les sceaux de l'ancienne ville impériale. Haguenau fut occupée au 17e siècle par les troupes de Mansfeld, puis par les Suédois. Incendiée en 1677 par les troupes de Créqui, elle se releva et retrouva sa prospérité au 18e siècle.