Gilly dépendit autrefois des sei-gneurs de Rolle et plus tard de ceux de Vincy.

L'église, dédiée à Saint Jean-Baptiste, apparaît en 1299 et fut fondée par les Sallenove, alors sires de Rolle.

En 1925, la commune a repris pour ses armoiries le champ palé d'argent et de gueules des Sallenove.
Elle a complété ses armes par un chevron et trois coquilles, meubles empruntés aux armoiries des Vasserot, sei-gneurs de Vincy de 1720 à 1798.